Un matin, sonic le hérisson bleu se réveille et se rend compte que son pouvoir de supervitesse à disparu mystérieusement. Il s'est brisé en plusieur sphère d'énergie répendu trés loin les une des autres... Pendant tout le jeu il devra chercher les sphère, tout désavantagé qu'il est par son abscence de vitesse qui l'handicape. seul, il devra grimper, nager, se cacher, faire marcher des systèmes éléctroniques et mécanique afin d'ouvrir des portes, donc ne plus utilisé que ses jambes, mais aussi sa tête.